Polacy ginęli w Ponarach jako przeciwnicy polityczni. Do aresztowania Polaków przyczyniały się osoby kolaborujące z Niemcami, głównie Litwini. Na egzekucje dowożono więźniów z Łukiszek i Ofiarnej. Wśród Polaków najliczniejszą grupę zamordowanych w Ponarach stanowiła młodzież działająca w Związku Wolnych Polaków, który wszedł do organizacji Służby Zwycięstwu Polski, przekształconej następnie w ZWZ, w końcu w AK. Inną prześladowaną grupą była polska inteligencja. 16/17 wrzesień 1943 r. aresztowano 100 zakładników, spośród których 10 natychmiast rozstrzelano. Aresztowania nastąpiły według z góry przygotowanej listy. Było na niej wiele wybitnych postaci, dość wspomnieć 3 profesorów Uniwersytetu im. Stefana Batorego: Kazimierza Pelczara, Mieczysława Gutkowskiego i Mieczysława Engiela.
Ustalenie pełnej liczby zamordowanych w Ponarach Polaków nastręcza wiele trudności. H. Pasierbska na podstawie sprawozdań Delegatury Rządu na Kraj oraz dokumentacji archiwalnej przyjęła, że w Ponarach zginęło ponad 1600 Polaków. Odnosi się to głównie do 8 egzekucji w 1942 r. i 2 w 1943 r. z uwzględnienie nazwisk sporadycznie odnajdywanych w źródłach. Nie jest znana liczba Polaków straconych w pozostałych egzekucjach w ciągu trzech lat okupacji hitlerowskiej. W Ponarach ginęli głównie żołnierze AK. W Ponarach zaraz po wojnie ustawiono drewniany krzyż, ale w 1952 r. został on zniszczony. W 1990 r. został ponownie wzniesiony krzyż oraz granitowy pomnik (tablica u podnóża krzyża). Z przyczyn finansowych nie zrealizowano projektu budowy kapliczki. Tablicę wykonaną przez Pracownię Konserwacji Zabytków w Białymstoku, poświęcił ks. Czesław Wierzbicki, kapelan AK Okręgu Wileńskiego z woj. gdańskiego. Autorem projektu upamiętnienia był architekt litewski. W 2000 r. obiekt został rozbudowany. Od połowy lat 90-tych XX wieku Rodzina Ponarska podjęła starania o uzupełnienie miejsca pamięci w Ponarach o nowe elementy architektoniczne. Szczególną troskę budził drewniany krzyż, którego podstawa próchniała. ROPWiM przystąpiła do renowacji i uzupełnienia obiektu. 22 października 2000 r. odsłonięto nowe upamiętnienie.
Na miejsce drewnianego krzyża umieszczony został trwały krzyż metalowy. Dotychczasowy brukowany krąg został otoczony kamiennym ogrodzeniem z metalową furtką. Na murze zostały umieszczone tablice z polskim i litewskim tekstem ogólnym, przedzielone wizerunkiem Matki Boskiej Ostrobramskiej oraz dwie tablice z nazwiskami zamordowanych Polaków. Na ostatniej tablicy umieszczono 10 nazwisk zakładników rozstrzelanych 17 września 1943 r.
Dotychczas ustalona lista ofiar Ponar:
Abramowicz Henryk;
Aleksandrowicz Olgierd;
Aleksandrowicz Stanisław;
Anc Józef;
Andruszkiewicz Zygmunt;
Andrzejewski Jerzy;
Apon Władysław;
Apryszko Michał;
Auksel Mieczysław;
Baksztówna;
Balukiewicz Henryk;
Bałtrusiewicz Edward;
Baniewicz Genowefa;
Baran Eliasz;
Bartosiewicz Bolesław;
Barygo Stefan;
Berek Tadeusz;
Bernatowicz Maria;
Biednakiewicz;
Biedrzycki Jan;
Biegański Kazimierz ;
Bielan Feliks;
Blacewicz Kazimierz;
Blamski Kazimierz;
Bogdanow Klemens;
Bogdanowicz Anastazja;
Bolechowski Stefan;
Borejko Paweł;
Borysewicz Witold;
Brazewicz-Dosiołko Mieczysław;
Bremerski Jan;
Brudnicki Stefan;
Bryżuk Zygmunt;
Brzostowski Wiktor;
Bubnis Stanisław;
Butko (Bujko) Hubert;
Józef Byszewski;
Cebrowski Jerzy ps. Cezar;
Charchan Ryszard;
Chłopecka Aniela;
Chudyba Tadeusz;
Chyliński Józef;
Cichocki Jerzy;
Ciechanowicz Piotr;
Cynk Władysław;
Czarnecki Stefan;
Czepułkowska Stefania;
Czerniewska Helena;
Damuc Antoni;
Dąbrowska Maria;
Dowmont Franciszka;
Dowtortt Władysław;
Draszkiewicz Bronisław;
Eikszto Wiktor;
Elemberg Alojzy;
Frydling Wacław;
Giegulis Wacław;
Giegulis Władysław;
Góra Jerzy ps. Stanisław;
Górecki Tomasz;
Górski (Gorski) Czesław;
Górski Eugeniusz;
Grudzki (Grudski) Janusz;
Grudziński Janusz;
Gulczyński Eugeniusz
Guściewicz (Gusiewicz) Władysław;
Harasiewicz Czesław;
Hawelówna Marta;
Horodecki Czesław;
Homoza Wiktor;
Hryniewicz Jan;
Huzarski Zakrzewski Karol;
Jabłoński Ryszard;
Jacewicz Stanisław;
Jakubowska Bronisława;
Jakonis Wiktor;
Jankowski Andrzej;
Jankowski Zenon;
Jaroszewicz Józef;
Jaskold-Gabszewicz Kazimierz;
Jaszkiewicz Władysław;
Jednaszewski Julian;
Jońska Regina;
Joński Leon;
Jurkiewicz Romuald;
Kaczyńska Maria;
Kaczyński Albin;
Kazimierz Kajdas;
Kalczyńska Wanda;
Kantorowicz Józef;
Karasiewicz Czesław;
Kardis Wiktor;
Karolkiewicz Feliks;
Kartanowicz Władysław;
Kieraszewicz Czesław;
Klemm Wiktor;
Kłosowska Ludmiła;
Komar Eugeniusz;
Komorowski Bronisław;
Kondratowicz Hieronim;
Kopciówna (Kopeć) Halina;
Korkozowicz Michał;
Korolkiewicz Feliks;
Korwin-Piotrowski Andrzej;
Korzenik Antoni;
Korzenik Jan;
Kosiński Marian;
Kosowska Ludmiła;
Kossarski (Koszerski) Marian;
Kowalczyk Mirosław;
Kowalewicz Leonard ps. Boy;
Kowalska Kazimiera;
Kozłowski Konstanty;
Krawiec Lucjan;
Krukowski Adolf;
Kucharek Ryszard;
Kuligowski Zbigniew;
Kuncewicz Marek;
Kurmin Stefan;
Kurzela Jerzy ps. Janusz, Wiktor;
Kuźniarski Hieronim;
Lachowicz Stanisław;
Ledowski Stanisław;
Lenard Mieczysław;
Leszczyński Zygmunt;
Lewandowski Władysław;
Libert Julian;
Libert Wiktor;
Lipiński Henryk;
Lisowska Jadwiga;
Lisowski Czesław;
Lisowski Stanisław;
Lisowski Wiktor;
Lisowski Witold;
Luft Krzysztof;
Łapiński Stanisław;
Łapkowski Jarosław;
Łastowski Władysław;
Ławcewicz Szczepan ps. Koń;
Łukaszewicz Jan;
Łukaszewicz Witold;
Łuszczyński Daniel;
Łuszczyński Jan;
Łuszczyński Paweł;
Mackiewicz Jan Kazimierz ps. Konrad;
Majewicz Konstanty;
Majzajo Jan;
Maluzin Wiktor;
Marchewa Mikołaj;
Markowski Józef;
Martyka Edward;
Matukański Władysław;
Matusewicz Marian;
Matusewicz Witold;
Mazulewicz Józef;
Mazur Wacław;
Mazurkiewicz Czesław;
Meylis Ludwik;
Mianowski Jerzy;
Michałowski Józef;
Michniewicz Kazimierz;
Milazowski Franciszek;
Miotkowski Czesław;
Mongird Jadwiga;
Motus Jan;
Mrozinkiewicz Władysław;
Mrozowski Paweł;
Naniewicz Antoni;
Nardy Zdzisław Konrad;
Naumówna Helena;
Nawadzki Józef;
Niedziński Jan;
Niedźwiecki Józef;
Nowoszyński Kazimierz;
Oganowski Franciszek;
Oganowski Kazimierz;
Olechnowicz Adolf;
Oleszkiewicz Bronisław;
Orłowski Antoni;
Papinigisówna Helena;
Papinigisówna Stanisława;
Parczewski Leon ps. Lili;
Parczuta Bronisław;
Paszkiewicz Henryk;
Paszkiewicz Władysław;
Pawluć Janina;
Pawłowski Czesław;
Pawłowski Franciszek;
Perkowicz Ryszard;
Petrusewicz Paulina;
Piechocki Konstanty;
Pieczul Wacław;
Piekarski Jan;
Piekarski Romuald;
Pietuch Paweł;
Pilść Henryk;
Piotrowicz Władysław;
Piotrowski Bolesław;
Poczobut-Odlanicka Franciszka;
Prokopowicz Anna;
Przegaliński Stefan;
Przybora Jan;
Przybylski Wiktor;
Putno Henryk;
Raczkowski Aleksander;
Radulewicz Stanisław;
Radziszewska Kazimiera;
Radziszewski Bronisław;
Ragnowski Ignacy;
Rajski Piotr;
Rakowski Emanuel;
Rauba Jan;
Rauba Mieczysław;
Rauba Witold;
Raucino Jan;
Redyk Władysław;
Benedykt Regina;
Reszke Władysław;
Reutt Jadwiga;
Rewieńska-Pawełek Wanda;
Rodowicz Hilary;
Romanis Henryk;
Rozestwiński Alfons;
Rudelis Wacław;
Rudowicz Stanisław;
Rudziński Antoni;
Rusiecka Janina;
Rusiecka Władysława;
Ruth Bolesław;
Rutkowski Bolesław;
Rybicki Piotr;
Rymiński Stanisław Feliks ps. Erazm;
Rymkiewicz Józefa;
Rymkiewicz Maria;
Rzeczycki Ryszard;
Sadurski Jerzy;
Samosionek Józef;
Sarosiek Wacław;
Saulewiczówna Anastazja ps. Emilia;
Siewruk (Sewruk) Walenty;
Siedlecka Jadwiga;
Sienkiewicz Władysław;
Simonowicz Konstanty;
Siuchta Gerard;
Siugzda Piotr;
Siwiec Jan;
Skłodowski Zbigniew ps. Kura;
Skoczkowski Bolesław;
Sławoniewski Witold;
Smolski Stanisław;
Sokołowski Czesław;
Sołtan Mieczysław;
Sosnowski Wacław;
Stakun Władysław;
Stankiewicz Bolesław;
Stasiulewicz Bolesław;
Stefanides Józef;
Stokowski Zygmunt;
Sudnikiewicz (Sudnikiewiczówna) Janina;
Sygnatowicz Bolesław;
Sygnatowicz Kazimierz;
Syrnicki Julian;
Syrnicki Bernard (Leonard);
Szapska Maria;
Szczemirski Jan (Piotr);
Szczerbiński Michał;
Szenk Franciszek;
Szeształówna Irena;
Szklenik Stanisław;
Szpakowski Antoni;
Szymański Feliks;
Szymański Zygmunt;
Szymulewicz Czesław;
Szysz Jerzy;
Świrkowski Romuald;
Tadowski Michał;
Taranowski Mikołaj;
Taraszkiewicz Maria;
Taraszkiewicz Michał;
Tarnowski Włodzimierz;
Thomme Barbara;
Tobiasz Józef;
Tomaszewicz Aleksander;
Tomaszewicz Franciszek;
Tomkiewicz Maria;
Toruński Edward;
Trusewicz Jan;
Trusewicz Klemens;
Turło Franciszek;
Twardy Józef;
Twarogal Bronisław;
Ulatowski Józef;
Urbanowicz Konstanty;
Utkin Jan;
Użpulewicz Henryk;
Walechowski Stefan;
Waljota Tekla;
Warachowski Przemysław;
Wasilewski Mikołaj;
Wawrzecki Mikołaj;
Weder Stanisław;
Stanisław Węsławski;
Wieloch Stanisław;
Wienckiewicz Antoni;
Wilczewski Ryszard;
Wiśniewska Jadwiga;
Wojtkiewicz Helena;
Wołodźko Witold;
Woronkiewicz Józef;
Wójcik Jerzy;
Wróblewski Jan;
Zabłocki Jan;
Zaborowski Bohdan Julian ps. Balladyna;
Zagórski Ignacy;
Zahorski Jerzy ps. Fostowicz ;
Zajączkow Józef;
Zajączkowski Witold;
Zarejka Jan;
Zawisza Wacław;
Zgorzelski Władysław;
Zieliński Teodor;
Zienkiewicz Henryk;
Zienowicz Benedykt;
Żaba Egon;
Żaczek Henryk;
Żebrowski Rajmund;
Biedulski Piotr;
Charyton Leon;
Pietrzak Tadeusz;
Bochyński Edward;
Iwanowski Wincenty;
Antuszewicz Kazimierz;
Biłgorajski Eugeniusz;
Engiel Mieczysław;
Rynkiewicz Stanisław;
Gutkowski Mieczysław;
Iwanowski Kazimierz;
Lothe Tadeusz;
Manrik Włodzimierz;
Orłowski Aleksander;
Pelczar Kazimierz;
Gąsowski Mikołaj;
tablice przy wejściu: "POLSKA KWATERA WOJENNA / 1941 - 1944" -"LENKŲ KARIŲ KAPAVIETĖ / 1941 - 1944" Inskrypcja na pomniku: Ś. + P. / PAMIĘCI WIELU TYSIĘCY POLAKÓW / ZAMORDOWANYCH W PONARACH / W HOŁDZIE - RODACY ZIEMI WILEŃSKIEJ. /WIECZNY ODPOCZYNEK /RACZ IM DAĆ PANIE, /A ŚWIATŁOŚĆ WIEKUISTA /NIECHAJ IM ŚWIECI. /AMEN. Inskrypcje wewnątrz kwatery: "Żołnierze Armii Krajowej, polskiego państwa podziemnego, / Polska inteligencja i młodzież, / którzy oddali życie za wolność ojczystej ziemi / Cześć ich pamięci / Rząd Rzeczypospolitej Polskiej / ROPWiM / Tekst lit.: "Armijos Krajovos, Lenkijos valstybės pogrindžio / Lenkų inteligentija ir jaunimas, / paaukoję gyvybę už gimtosios žemes laisvę, / garbė jų atminimui / Lenkijos Respublikos Vyriausybė".